Nach dem Pressen ist der Apfelsaft (in der Schweiz Süssmost genannt) immer naturtrüb, d. h. fruchtfleischhaltig. Zentrifugiert und gefiltert erhält man den klaren Apfelsaft. Beide Varianten – naturtrüb und klar - werden durch Pasteurisation haltbar gemacht. Dabei wird der Saft kurz auf ca. 78 °C erhitzt, um Mikroorganismen abzutöten und die Gärung zu verhindern. Da der naturtrübe Apfelsaft nicht gefiltert wurde, befinden sich in ihm noch die Schwebstoffe. Sie lassen den Saft undurchsichtig erscheinen. Da sie schwerer sind als Wasser, setzen sie sich am Boden ab und sollten vor dem Trinken aufgeschüttelt werden. Aufgrund der in den Schwebstoffen enthaltenen Antioxidantien – es handelt sich hauptsächlich um Polyphenole – enthält naturtrüber Apfelsaft mehr sekundäre Pflanzenstoffe als gefilterter Saft.

In Tierversuchen entwickelten Mäuse und Ratten, denen Apfelsaft verabreicht wurde, bis zu 50 % weniger Tumoren, als die Vergleichsgruppe ohne die Apfelsaftgaben. Der trübe Apfelsaft war in diesen Versuchen wirksamer als der klare. Vermutlich sind hier die Procyanidine, die in trübem Apfelsaft in hoher Konzentration enthalten sind, die Ursache.Darüber hinaus schmeckt der naturtrübe Apfelsaft meist auch natürlicher und kräftiger als der schwebstofffreie klare Saft. Sortenreine Apfelsäfte, die nur aus einer Apfelsorte gewonnen werden, erweitern die Angebotspalette an Apfelsaft mit einer hohen geschmacklichen Vielfalt